Mesto Malacky udržiava aktívne partnerské vzťahy s mestami:
Prvým zahraničným partnerom mesta bola maďarská „veľká obec“ Albertirsa (v r. 1992), nasledovalo Veselí nad Moravou, potom Szarvas a poľský Žnin. S mestami Albertirsa a Veselí nad Moravou existujú živé kontakty v oblastiach: kultúra detí a mládeže (Kultúra bez tlmočníka), šport detí a dospelých (futbal, hádzaná, basketbal), spoločenské styky, výmena skúseností z komunálnej politiky. S mestom Žnin existujú kontakty v oblastiach: kultúra detí a mládeže (Kultúra bez tlmočníka), šport detí a dospelých (futbal), spoločenské styky pri rôznych príležitostiach (MS vo vodnom motorizme na Žninskom jazere, výročie udelenia mestských práv Žninu). S mestom Szarvas sa rozvíjajú najmä kultúrno-spoločenské vzťahy, orientované na početnú slovenskú komunitu žijúcu dodnes v tomto meste (príspevok mesta na pamätník a účasť na oslavách 280. výročia príchodu Slovákov na Dolnú zem, Dni slivák, ultúrne dni Slovákov župy Békescsaba).
S mestom Gänserndorf nie je podpísaná žiadna partnerská zmluva, no napriek tomu existujú a rozvíjajú sa partnerské vzťahy, najmä v oblasti kultúry – deti (Kultúra bez tlmočníka) aj dospelí (Adventný koncert v Gänserndorfe, Adventné Malacky), športu, mládeže (futbal starších žiakov) a výmeny skúseností z rôznych odborov komunálnej politiky (odpadové hospodárstvo, parkovanie vozidiel a údržba ulíc v meste a pod.).
Mesto Malacky úzko spolupracuje aj s mestom Marchegg, a to najmä v kultúrno-historickej oblasti, keďže mestá spája história rodu Pálfiovcov. Mestá spolupracovali na cezhraničnom projekte Paltour.
