Vlajka mesta Malacky zobrazuje farby mesta a skladá sa z troch pozdĺžnych pruhov rovnakej šírky – bieleho, modrého a zeleného. Vlajka mesta môže byť doplnená na prednej polovici erbom mesta a ukončená zástrihom do 1/3 jej dĺžky.
Vlajku mesta používa primátor a mestské zastupiteľstvo pri oficiálnych príležitostiach mestského a štátneho charakteru, a to jej vyvesením na budovách, v ktorých sídlia orgány mesta, alebo v sieňach, kde sa koná slávnostné zhromaždenie. Výzvu na použitie vlajky vydáva primátor, ktorý zároveň určí spôsob jej použitia. Vlajka mesta sa vztyčuje na vlajkový stožiar. Pri vztyčovaní je potrebné zachovať dôstojnosť, spúšťať zástavu pomaly a bez prerušenia, pri snímaní sa zástava nesmie dotýkať zeme.