Malacky sú napojené na cestnú sieť cestami I. až III. triedy prechádzajúcimi jej územím. Prieťahom mesta v smere sever – juh prechádza cesta I/2, ktorá je súbežná s diaľnicou D2. V súčasnosti zabezpečuje prepravné vzťahy v cestnej doprave najmä v priestore medzi diaľničnými križovatkami Lozorno, Malacky a Kúty.
V záujmovom území mesta je ešte cesta III/50314 Kostolište – Gajary – štátna hranica s Rakúskom, ktorá sa končí práve na hranici, bez pokračovania na rakúsku stranu do jeho cestnej siete. Obdobná situácia je v Záhorskej Vsi, kde však prepojenie cesty II/503 s rakúskou cestnou sieťou zabezpečuje kompa. Vytvorené je pevné premostenie Moravy v priestore Moravského Svätého Jána. Uvažuje sa s druhým možným hraničným priechodom na II/503 v Záhorskej Vsi.
Cez mesto prechádza priamo dvojkoľajná elektrifikovaná železničná trať 110 Praha – Bratislava, ktorá je zaradená do V. transeurópskeho dopravného koridoru s predpokladanou návrhovou rýchlosťou 140 – 160 km/hod. Železničná stanica v Malackách je stanicou III. triedy. Trať sa tu rozvetvuje do 10 koľají, z ktorých 2 slúžia nákladnej doprave na nakládku a vykládku.
Vzdialenosť Malaciek od veľkých miest a medzinárodných letísk a prístavov:
Vzdialenosť k mestu | vzdialenosť |
---|---|
Bratislava | 25 km |
Viedeň (cez Záhorskú Ves/Angern) | 60 km |
Györ | 100 km |
Bratislava – letisko | 44 km |
Viedeň – letisko Schwechat (cez Bratislavu) | 88 km |
Brno | 100 km |
Bratislava – prístav na Dunaji | 40 km |