Združenie miest a obcí záhorskej oblasti bolo založené na konferencii miest a obcí Záhoria v Malackách 24. mája 1990 ako jedno z regionálnych združení Združenia miest a obcí Slovenska. 6.1.2013 bol názov zmenený na Združenie miest a obcí Záhorie.
Pod hlavičkou ZMO Záhorie úzko spolupracuje 76 členských obcí a miest. Hlavným cieľom je v súlade s Európskou chartou miestnej samosprávy, Ústavou SR a príslušnými zákonmi Slovenskej republiky pozitívne a aktívne:
a) pôsobiť ako regionálne združenie Združenia miest a obcí Slovenska
b) obhajovať záujmy i potreby miest a obcí regiónu Záhoria
c) ovplyvňovať rozvoj i výkon samosprávnych funkcií
d) reprezentovať mestá a obce regiónu Záhoria vo vzťahu k euroregiónom, zahraničným inštitúciám a euroinštitúciám, štátnej správe, združeniam samosprávnych krajov a združeniam miest a obcí, iným právnickým i fyzickým osobám, ako i ostatnej verejnosti
e) garantovať objektívne hodnotenie projektov fondov Európskej únie, a to všetko pri rešpektovaní autonómneho postavenia miest a obcí regiónu Záhoria.
Za účelom podpory malého a stredného podnikania v regióne Záhorie a realizácie patrení podporujúcich vybudovanie Inkubátora malého a stredného podnikania v Malackách založilo 17. mája 2002 mesto Malacky spolu so združením Rada Eurovalley Regionálne poradenské a informačné centrum (RPIC). RPIC Malacky vystupuje ako spoľahlivý partner podnikateľov pri riešení ich podnikateľských problémov.
Mesto Malacky bolo v roku 2002 spolu s Bratislavským samosprávnym krajom a združením Rady Eurovalley zakladateľom Regionálnej rozvojovej agentúry Záhorie. Jej základným poslaním je okrem iného podporovať regionálny rozvoj, aktivizovať región k získavaniu domácich a zahraničných grantov, zabezpečovať poradenstvo pri tvorbe a implementácii projektov, organizovanie spolupráce so zahraničnými partnerskými organizáciami. Spolu s BSK v roku 2007 Mesto Malacky z RRAZ vystúpilo.
Mesto Malacky je tiež členom Spolku pre podporu Pomoravia, ktoré je registrované na českej aj slovenskej strane hranice. Je to združenie miest, obcí, fyzických aj právnických osôb (napr. Povodie Dunaja, Povodie Moravy), ktoré udržiava prospešnú komunikáciu medzi českou a slovenskou komunitou v bližšom i vzdialenejšom okolí rieky Morava a napomáha pri riešení mnohých dôležitých otázok, smerovaných do občianskeho prostredia (voľný pohyb turistov, spoločné kultúrno-spoločenské a športové akcie, výmena dôležitých informácií).
17. decembra 2012 vznikla Oblastná organizácia cestovného ruchu Záhorie. Mesto Malacky bolo jej zakladajúcim členom. Cieľom organizácie je vytvoriť lepšie možnosti na rozvoj cestovného ruchu na Záhorí a zvýšiť prínos turizmu pre región, jeho obyvateľov a miestnu ekonomiku. Vďaka organizácii dochádza k zjednoteniu Záhoria pod jednu značku, k širšej spolupráci subjektov pôsobiach v regióne v oblasti cestovného ruchu a k rozvoju marketingu a propagácie Záhoria ako atraktívnej destinácie ponúkajúcej jedinečnú rozmanitosť na relatívne malom území.