Mesto ako zriaďovateľ základných škôl a materskej školy v Malackách rozhodlo o ich čiastočnom otvorení. Môžu ich navštevovať deti, ktoré spĺňajú kritériá stanovené rozhodnutím ministra školstva. Ide o deti zákonných zástupcov pracujúcich v kritickej infraštruktúre alebo deti zákonných zástupcov, ktorým povaha práce neumožňuje vykonávať ju z domácnosti. 

Na základe rozhodnutia mesta sú otvorené školské kluby pri ZŠ Dr. J. Dérera, ZŠ Štúrova a ZŠ Záhorácka. Pre žiakov, ktorí zostávajú doma, zabezpečia riaditelia škôl dištančné vzdelávanie podľa personálnych a technických možností školy. V zmysle rozhodnutia ministra školstva je otvorený aj školský klub detí pri cirkevnej škole. 

Pre škôlkarov, ktorí spĺňajú stanovené kritériá, je otvorené pracovisko materskej školy na Rakárenskej.  Mesto výnimočne a ústretovo poskytlo niekoľko miest aj pre mimomalacké deti, ktorých rodič pracuje v nemocnici Malacky.