Okres Malacky bol zriadený zákonom NR SR č. 221/1996 Zb. o územnom a správnom usporiadaní Slovenskej republiky, ktorý nadobudol účinnosť dňa 24. 7. 1996. Katastrálne územie okresu Malacky tvoria dve mestá - Malacky a Stupava a 24 obcí: Borinka, Gajary, Jablonové, Jakubov, Kostolište, Kuchyňa, Láb, Lozorno, Malé Leváre, Mariánka, Pernek, Plavecké Podhradie, Plavecký Mikuláš, Plavecký Štvrtok, Rohožník, Sološnica, Studienka, Suchohrad, Veľké Leváre, Vysoká pri Morave, Záhorská Ves, Závod, Zohor, Vojenský obvod Záhorie.

Celková rozloha okresu je 98 157,70 ha. Územie okresu je rovinaté, mierne zvlnené so stúpajúcou nadmorskou výškou k pohoriu Malých Karpát. V minulosti územie prešlo zložitým geologickým vývojom. Z hľadiska hydrologického patrí Záhorská nížina a západné svahy Malých Karpát do povodia rieky Moravy, ktorá sa pri Devíne vlieva do Dunaja.

Okres Malacky sa rozprestiera na západnom Slovenku cca 26 km od Bratislavy. Západnú hranicu okresu tvorí rieka Morava, ktorá zároveň vytvára prírodnú štátnu hranicu s Rakúskom. Na severe hraničí okres Malacky s okresom Senica, na juhovýchode susedí s okresom Pezinok a prírodnou hranicou je pohorie Malých Karpát. Južná časť okresu je ohraničená územím hlavného mesta Slovenskej republiky - Bratislavou. Väčšiu časť územia okresu zaberá Záhorská nížina, ktorá je súčasťou Viedenskej kotliny. Východne od Záhorskej nížiny leží pohorie Malých Karpát, ktoré je tvorené kryštalickými horninami. Na záhorskej strane Malých Karpát sa nachádza Borinský a Plavecký Kras s jaskyňami.

Medzi najvýznamnejšie toky povodia Moravy patrí Malina, Rudava a Záhorský kanál. Hustota siete vodných tokov je ovplyvnená rozsiahlymi územiami naviatych pieskov a silne poznačená zásahom človeka. Významným hydrogeologickým činiteľom je množstvo otvorených vodných plôch, vodných nádrží a rybníkov vo Veľkých Levároch, Jakubove, Malackách, Stupave, ktoré sa využívajú na chov rýb.

Z hľadiska prírodných podmienok prevažná časť územia okresu patrí do teplej a mierne suchej oblasti. Na území okresu sa nachádzajú dve chránené krajinné oblasti CHKO Malé Karpaty a CHKO Záhorie, 8 národných prírodných rezervácií, 1 chránená študijná plocha a 2 chránené prírodné výtvory. Súčasťou okresu je Vojenský obvod Záhorie.

Z ložísk nerastných surovín sú najvýznamnejšie ložiská zemného plynu, ropy a gazolínu v lokalitách Gajary, Jakubov, Suchohrad, Vysoká pri Morave, Studienka a Závod, ktoré sprevádzajú aj termálne vody.

Hydrologické pomery sú dané najmä hydrologickými a klimatickými podmienkami. Malacký okres patrí do povodia rieky Moravy. Morava má v priebehu roka značne nevyrovnané prietoky. Priemerný ročný prietok v profile nad Malinou je 1 16 m3/s. Prítoky na území sú Rudava a Malina. Prietoky týchto tokov sú v priebehu roka nevyrovnané.
Vodné nádrže: Kuchyňa, Vývrat, VN Lozorno - Hrubé Lintavy
Rybníky: Jakubovské rybníky, Stupavské rybníky, Malacké rybníky

Udržanie prírodnej rovnováhy na území okresu Malacky napomáhajú dva chránené areály, a to:
- Chránená krajinná oblasť Malé Karpaty /rozloha 65 504 ha/
- Chránená krajinná oblasť Záhorie /rozloha 27 522 ha/
Okres Malacky má vhodné podmienky pre krátkodobú letnú turistiku, vodné športy a kúpanie, rybolov, poľovníctvo a poznávanie kultúrnych pamiatok. Poskytuje výhodné možnosti pre letnú turistiku a víkendové pobyty, ktoré využívajú najmä obyvatelia Bratislavy.