Mesto Malacky je samostatným územným samosprávnym a správnym celkom Slovenskej republiky združujúcim občanov, ktorí majú na jeho území trvalý pobyt. Územie mesta Malacky je územný celok, ktorý tvorí jedno katastrálne územie – Malacky o rozlohe 2 717,25 ha.
Mesto je povinné vykonávať svoje samosprávne funkcie vymedzené v zákone o obecnom zriadení v znení neskorších zmien a doplnkov a v ďalších osobitných zákonoch a všeobecne záväzných právnych predpisoch. Mesto samostatne rozhoduje a uskutočňuje všetky činnosti súvisiace so správou mesta a jeho majetku, samostatne zabezpečuje všetky úlohy, vyplývajúce z jeho samosprávnej pôsobnosti.
Samosprávu mesta vykonávajú obyvatelia mesta:
Nariadenia mesta nesmú byť v rozpore s Ústavou Slovenskej republiky, v rozpore s ústavnými zákonmi, so zákonmi a medzinárodnými zmluvami, s ktorými vyslovila súhlas Národná rada SR a ktoré boli ratifikované a vyhlásené spôsobom ustanoveným zákonom.
Mestské zastupiteľstvo mesta Malacky zriadilo orgány:
Osobitné postavenie medzi orgánmi mesta má hlavný kontrolór mesta, ktorého volí mestské zastupiteľstvo. Hlavný kontrolór je zamestnancom mesta Malacky.