V apríli 1809 rakúsky cisár František I. vyhlásil novú vojnu francúzskemu cisárovi Napoleonovi. Veril pritom, že sa mu podarí získať späť vplyv stratený Bratislavským mierom, ktorý v decembri 1805 ukončil predchádzajúcu vojenskú konfrontáciu. Rakúske armády napadli francúzskych spojencov – Bavorsko, Talianske kráľovstvo a Varšavské kniežatstvo. Hoci sa operácie z pohľadu Rakúska rozbehli sľubne, francúzska Grande Armée dokázala rýchlo reagovať a zatlačila hlavné rakúske sily z bavorského územia až k Viedni. Na zmenu situácie tak museli zareagovať aj zvyšné rakúske jednotky, ktoré z talianskeho územia ustúpili do Uhorska, aby pomohli hlavnej armáde.

V súvislosti s tým vzrástol význam Bratislavy. Francúzom totiž hrozilo, že by sa ustupujúci Rakúšania práve tu mohli prepraviť na protiľahlý breh Dunaja, a postupovať tak ďalej k Viedni. Napoleon preto rozkázal obsadiť pravý breh Dunaja pred Bratislavou, kde medzitým rakúska strana vybudovala opevnené predmostie. Napriek bezmála jeden a pol mesiaca trvajúcim úporným snahám Francúzov o ovládnutie predmostia, ako aj viacnásobnému ostreľovaniu Bratislavy zo strany francúzskeho delostrelectva, rakúske vojsko svoje pozície udržalo. 

O osude rakúskej monarchie bolo napokon rozhodnuté inde. V dňoch 5. a 6. júla sa odohrala rozhodujúca bitka pri Wagrame blízko Viedne, v ktorej Napoleon porazil hlavné rakúske sily. V noci z 11. na 12. júla uzatvorili Rakúšania s Francúzmi prímerie, na základe ktorého muselo Rakúsko až do uzatvorenia definitívnej mierovej zmluvy francúzskej strane odstúpiť rozsiahle územia. Demarkačná línia zahŕňala aj malú časť územia dnešného západného Slovenska vrátane Bratislavy. Mesto a jeho blízke okolie 14. júla obsadili jednotky IX. zboru Grande Armée, ktorý sa skladal z Napoleonových saských spojencov. Časť vojsk bola následne dislokovaná v Záhorskej Bystrici, Stupave, Lábe, Plaveckom Štvrtku, Vysokej pri Morave, Gajaroch, Kostolišti, Moravskom Svätom Jáne, Malých Levároch, Jakubove, Máste, Zohore a v Malackách. Zabezpečovanie veľkého počtu vojakov a dôstojníkov bolo nesmierne náročné. Situáciu navyše komplikovali vlečúce sa mierové rokovania, v dôsledku čoho napokon okupácia trvala viac než štyri mesiace. 

Počas tohto obdobia museli nemalé ťarchy znášať aj obyvatelia Malaciek. Z dobových prameňov vyplýva, že mesto obsadili jednotky pluku saskej ľahkej jazdy Prinz Johann. Dôstojnícky zbor bol ubytovaný v kaštieli, vojaci v meste a jeho okolí. Vojsko bolo potrebné zásobovať potravinami, vínom a krmivom pre kone. Obce okupovaného regiónu navyše museli dodávať zeleninu pre početné okupačné sily v Bratislave. 

15. augusta 1809 sa obyvatelia Malaciek stali svedkami pompéznych osláv Napoleonových 40. narodenín. Pri tejto príležitosti uskutočnil generálmajor von Feilitzch veľkolepé defilé saskej jazdy. V súvislosti s oslavami sa v Malackách zachovala zaujímavá príhoda. Vojenský veliteľ Malaciek požiadal františkánov, aby sa 15. augusta konala bohoslužba s nemeckou kázňou o Napoleonovi. Keďže zhodou okolností práve na tento deň pripadal sviatok Nanebovzatia Panny Márie, vtedajší páter sa obával, že by ho tým zneuctil. Uvažoval preto, ako vyhovieť veliteľovi a zároveň obísť rozkaz. Situáciu napokon vyriešil šalamúnsky. Keď sa v sviatočný deň o deviatej hodine ráno vo františkánskom kostole zhromaždili vojaci a dôstojníci, páter začal kázať o Nanebovzatí Panny Márie, pričom vojsko a ľud vyzýval, aby ju ctili. Na záver však spomenul aj Napoleona, keď povedal: „Napoleon získal francúzsky trón a stal sa veľkým víťazom, pretože bol verným ctiteľom Panny Márie.“ Vojakom sa údajne kázeň zapáčila natoľko, že kostol horlivo navštevovali až do konca svojho pobytu v meste. Ten sa zavŕšil v priebehu novembra, mesiac po podpísaní mierovej zmluvy v Schönbrunne, keď okupačné jednotky postupne opustili uhorské územie. Pred svojím odchodom ešte Francúzi stihli z neznámych pohnútok vyhodiť do vzduchu hrady Devín a Pajštún. Na záver možno už len dodať, že tvrdým Schönbrunnským mierom Rakúske cisárstvo vstúpilo do najťažšieho obdobia svojich dovtedajších dejín. Vojna vyčerpala jeho hospodárstvo do takej miery, že v roku 1811 bol vyhlásený štátny bankrot.